凝胶层析（gel chromatography）又称分子筛过滤、排阻层析。凝胶是一种多孔性的不带表面电荷的物质，当带有多种成分的样品溶液在凝胶内运动时，由于它们的分子量不同而表现出速度的快慢，在缓冲液洗脱时，分子量大的物质不能进入凝胶孔内，在凝胶间几乎是垂直的向下运动，而分子量小的物质则进入凝胶孔内进行“绕道”运行，这样就可以按分子量的大小，先后流出凝胶柱，达到分离的目的。凝胶层析可用于脱盐、分离提纯、测定高分子物质的分子量、高分子溶液的浓缩等，具有设备简单，操作方便，分离迅速及不影响分子生物学活性等优点。
1. 溶胀
　　取所需干胶，用5倍去离子水溶胀，2小时后待用。
　　2. 装柱
　　2.1 凝胶层析上样、平衡和洗脱只用一种低盐浓度的缓冲液；可选中性附近的Tris-盐酸、PBS缓冲液。
　　2.2 将所取凝胶抽干，用初始缓冲液（按凝胶∶缓冲液=3∶1的比例）配成匀浆并脱气。
　　2.3 将层析柱垂直固定，底端用水或缓冲液润湿并保持一段液位。
　　2.4 用玻璃棒引导匀浆沿着柱内壁一次性倒入柱内，使凝胶在柱内自由沉降，水封层析柱，沉降过夜。
　　2.5 连结好柱子顶端活动柱头，打开蠕动泵，让缓冲液用使用时操作流速流过5柱体积，再使用1.5倍的操作流速流过5柱体积，调节适配柱头，使其尽量贴近胶面，最后用2-3倍柱体积的缓冲液平衡柱子。
　　注意：凝胶过滤介质的使用对装柱的要求较高，装柱效果可用丙酮-水溶液进行等板高度的检验。所有操作过程不能引入气泡，保证装胶的均匀度。
　　3. 平衡
　　将平衡缓冲液以操作流速平衡层析柱，观察检测器的变化，直到电导、pH等参数不变。
　　4. 上样
　　切换转换阀进行上样，上样量应尽可能减小；样品的预处理：除盐，平衡液配制，0.45mm微孔滤膜过滤。
　　5. 洗脱
　　用缓冲液洗脱，保持流速不变。
　　6. 再生